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腸病毒的傳染性極強，主要經由腸胃道（糞—口、水或食物污染）或呼吸道（飛沫、咳嗽或打噴嚏）傳染，亦可經由接觸病人的分泌物而受到感染；腸病毒感染的潛伏期大約2 至10 天，平均約3 到5 天，發病前數天在喉嚨及糞便都有病毒存在，即開始有傳染力，通常以發病後一週內傳染力最強；而患者可持續經由腸道釋出病毒，時間可達8 到12 週之久。

腸病毒可以引發多種疾病，其中很多是沒有症狀的感染，或只出現類似一般感冒的輕微症狀。有些時候則會引起一些較特殊的臨床表現，包括：手足口病（hand-foot-mouth disease）、疱疹性咽峽炎（herpangina）、無菌性腦膜炎、病毒性腦炎、心肌炎、肢體麻痺症候群、急性出血性結膜炎（acutehemorrhagic conjunctivitis）等。手足口病患者會在手腳與臀部周圍出現稍微隆起的紅疹，疹子的頂端大多有小水泡，口腔也會有潰瘍。疱疹性咽峽炎
則多數會發高燒，特點是在口腔後部出現水泡，然後很快地破裂變成潰瘍。